Косвенное воздействие человека на живую природу заключается в загрязнении среды обитания живых организмов, ее изменении или даже разрушении. Так, популяциям водных растений и животных очень вредит загрязнение воды. Например, численность черноморской популяции дельфинов не восстанавливается, так как в результате поступления в морские воды огромного количества ядовитых веществ высока смертность особей.
В последние годы на всем протяжении Волги заметно участились заражения рыб. Так, в районе ее дельты у осетров и других рыб были обнаружены не свойственные им паразиты. Научный анализ подтвердил, что это - результат подавления иммунной системы рыб вследствие сбрасывания в Волгу технических отходов, а также стоков с рисовых полей в дельте.
Часто причиной сокращения численности и исчезновения популяций является разрушение их местообитания, раздробление крупных популяций на небольшие, изолированные друг от друга. Это может произойти в результате вырубки лесов, строительства дорог, новых предприятий, сельскохозяйственного освоения земель. Например, численность уссурийского тигра резко сократилась вследствие освоения человеком территорий в пределах ареала этого зверя и сокращения его кормовой базы.
Гибель зубров в Беловежской пуще - пример нарушения среды обитания популяции одного вида при переселении в нее популяций других видов, результат непродуманных действий человека. Зубры, долгое время живущие в пуще, держались сырых мест леса, заросших сочной травой. Питались они древесной корой и листьями с верхушек молодых деревьев, наклоняя их ветви. В конце XIX в. в пущу поселили оленей, после чего стали замечать быструю гибель зубров. Оказалось, что олени объедали весь лиственный молодняк, тем самым оставили зубров без корма. Стали пересыхать ручейки, оставшиеся без прохладной тени лиственного прироста. Это затруднило и водопой зубров, которые пьют лишь чистую воду. Таким образом, олени, сами по себе безвредные для зубров, вызвали их гибель.