Сообщества растений, животных, грибов, микроорганизмов, совместно обитающие на определенном участке суши или водоема, связаны между собой и образуют целостную биосистему - биоценоз (от греч. bios - жизнь, koinos - общий)Биоценоз, обменивающийся веществом и энергией с окружающей его неживой (косной) средой - экотопом, составляет неразрывное единство - биогеоценоз.
Понятие "биогеоценоз" и учение о биогеоценозе предложил русский геоботаник Владимир Николаевич Сукачев для обозначения тесной взаимосвязи (-ценоз) живых (био-) и неживых компонентов на определенном участке земной поверхности (гео-). Существенными признаками биогеоценоза служат круговорот веществ и поток энергии, связывающие живые организмы друг с другом и со средой их обитания.
Наличие экотопа в составе биогеоценоза отличает последний от живых систем (биосистем) и превращает его в экологическую систему (экосистему).
Понятие "экосистема" ввел английский ботаник А. Тенсли (1871-1955). Он считал экосистемой совокупность организмов и условий их обитания, при взаимодействии которых происходит круговорот веществ. В наше время понятия "биогеоценоз" и "экосистема" часто употребляют как синонимы, хотя биогеоценоз (следуя определению В.Н. Сукачева) - это частный случай, сухопутная экосистема.
Как и живые системы, экосистемы обладают соподчиненной структурой (состоят из взаимосвязанных частей), благодаря потокам вещества, энергии и информации являются открытыми, способными к самообновлению, саморегуляции, что обеспечивает их устойчивое существование. Экосистемы так же способны к историческому развитию (эволюции), в ходе которого происходит их последовательное качественное изменение. В отличие от биосистем, экосистемы не обладают способностью к самовоспроизведению, порождению себе подобных.
Экосистемы обладают специфическим свойством, отличающим их от биосистем, - в них возникает и поддерживается биологический круговорот веществ.
Экосистемы относят к экосистемному уровню организации живого. При изучении данного уровня организации жизни ведущими являются проблемы устойчивости природных экосистем и влияние на них деятельности человека.